सन १९९३ ला लातूर येथे झालेल्या विनाशकारी भूकंप नंतर भूकंपातील अनाथ झाल्येल्या
मुलांचे (विद्यार्थ्यांचे) शैक्षणिक व मानसिक पुनर्वसन करण्याच्या हेतू मा. शांतीलालजी मुथ्था यांच्या मनात आला व
त्याचे रुपांतर म्हणजेच डिसेम्बर १९९३ रोजी भारतीय जैन शाळेचा जन्म झाला याचे बीज १९९३ - पिपरी येथे शाळेची
सुरुवात करून झाला.
१९९३ - १९९८ मा. शांतीलालजी मुथ्था यांचे प्रयन्तामधुन महाराष्ट्र शासन व जागतिक बँक यांचे सहकार्यातून वाघोली
येथील शैक्षणिक पुनर्वसन प्रकल्पाची उभारणी करण्यात आली.
त्यानंतर सन.१९९८ -पिंपरी येथील माध्यमिक व उच्च माध्यमिक विद्यालयाचे विभाजन करून एक शाखा वाघोली
येथे शैक्षणिक पुनर्वसन प्रकल्पात विस्थापित झाली . ही शाखा म्हणजे भारतीय जैन संघटनेचे माध्यमिक व उच्च
माध्यमिक विद्यालय वाघोली.
भारतीय जैन संघटना ही सामाजिक संघटना असून या संघटनेने विविध क्षेत्रात संपूर्ण भारतभर सामाजिक कार्य करत
आहे. आतापर्यंत लातूर, उस्मानाबाद, जबलपूर, गुजरात, जम्मू काश्मीर व नेपाळ येथे भूकंप मदत कार्य व पुनर्वसन
याचे काम केले आहे. पूर परिस्थीतीमध्ये अकोला, महाराष्ट्र, बिहार येथे आरोग्य व भोजन सुविधा पुरविल्या आहेत.
अंदमान निकोबार मधील सुनामीग्रस्तासाठी शालेय व आरोग्य सुविधा पुरविल्या आहेत.
भारतीय जैन संघटनेचे सन १९९३ पासून भूकंपग्रस्त, अनाथ, निराधार, निराश्रित अतिदुर्गम व दुर्लक्षित आदिवासी
विद्यार्थी अशी एकूण ४००० हून अधिक विद्यार्थ्यांचे मोफत शैक्षाणिक पुनर्वसन प्रकल्पात महाराष्ट्रातील २७
जिल्ह्यातील आत्महत्या ग्रस्त शेतकरी कुटुंबातील ३५० मुला मुलींचे व आदिवासी पाड्यावरील ३०० मुलांचे मोफत
शैक्षाणिक पुनर्वसन करण्यात येत आहे. या मुला मुलीना ‘ सामाजिक बदलाचे प्रवर्तक ’ बनविणे यामुळे ती मुले
आपल्या कुटुंबात व समाजात सकारात्मक बदल घडवून आणू शकतील, याचा दूरगामी परिणाम म्हणजे समाजातील
इतर लोकही जीवनाकडे सकारात्मक दृष्टीने पाहू शकतील.
बी.जे. एस. ने अंगीकारलेली मोठी जबाबदारी तसेच परिस्थीतीचे गांभीर्य लक्षात घेवून वाघोली प्रकल्पामध्ये मंथन या
नावाने मानसिक आरोग्य विभागाची स्थापना करण्यात आली आहे. दिनांक २९ जानेवारी २०१६ रोजी बी.जे.एस. व
मेडोलाके हेल्थकेअर प्रा.लि. यांच्यात एक सामंजस्य करार करण्यात आला. त्यानुसार ते संयुक्तपणे वाघोली
प्रकल्पातील मुलांच्या मानसिक आरोग्यासाठी निदान विषयक प्रतिबंध तसेच उपचार विषयक कृती योजना राबवीत
आहेत.
आज भारतीय जैन संघटनेच्या या शैक्षाणिक पुनर्वसन प्रकल्पातील एकाच छताखाली महाराष्ट्रातील २९ जिल्यातील
शेतकरी कुटुंबातील सर्व जाती धर्मातील व आदिवासी कुटुंबातील १००० विद्यार्थी बंधुभावाने व खेळीमेळीच्या
वातावरणात शिक्षण घेत आहेत , त्यांचा दिनक्रम निश्चित केलेला असून सर्व विद्यार्थी दिनक्रमाचे पालन करतात.
मुलांच्या प्रगतीत वसतीगृह व खानावळ मधील सर्व कर्मचारी अहोरात्र मेहनत घेत आहेत.व त्यास शाळा,
महाविद्यालय यातील सर्व शिक्षक शिक्षकेतर कर्मचारी प्राचार्य यांच्यासह महाविद्यालयातील विद्यार्थी ,विद्यार्थिनी
यांचे मोलाचे सहकार्य मिळत आहे. एक अर्थी या विद्यार्थ्याच्या जडणघडणीस त्यांचाही सहभाग आहे. प्रकल्पातील
सर्वच सेवाभावाने काम करत आहे.